Малайзия состоит из двух различных частей: полуострова Малайзии и провинций Восточной Малайзии Саба и Саравак на Cеверном Борнео. Эти две части находятся на расстоянии 650 км друг от друга и разделены Южно-китайским морем. На полуострове Малайзия граничит с Таиландом и Сингапуром. Провинции Саба и Саравак граничат с Калимантаном, индонезийской частью Борнео, а Саравак окружает со всех сторон крошечное государство Бруней. Андаманское море омывает западное побережье полуострова. Восточное побережье полуострова, Саба и Саравак омываются Южно-китайским морем.
На полуостров Малайзия приходится 40% территории страны. Вдоль полуострова с севера на юг тянутся несколько горных хребтов. На западном побережье находится широкая плодородная равнина, а на востоке - узкая прибрежная равнина. Саба и Саравак покрыты густыми джунглями и имеют развитые речные системы. Гора Кинабалу (4101 м) в Саба - один из самых высоких пиков в Юго-восточной Азии.
Более 60 % страны занимают джунгли, но правительство планирует построить огромную гидроэлектростанцию в Сараваке, и ожидается вырубка около 27 600 га леса, что может иметь отрицательные последствия в будущем. Только на полуострове Малайзия растет около 8000 видов цветущих растений, в том числе и 2000 видов деревьев, 800 видов плодовых деревьев и 200 видов пальм. Фауна включает слонов, носорогов, тигров, леопардов, тапиров, медведей, орангутангов и гиббонов. В Восточной Малайзии живут самые многочисленные и разнообразные популяции птиц в мире.
В Малайзии жарко и влажно в течение всего года. Температуры обычно колеблются между 20 и 30 градусами Цельсия; влажность обычно 90 %. Этот регион имеет муссонный климат, но только восточное побережье полуострова Малайзия имеет действительно дождливый сезон. Самый влажный сезон на западном побережье полуострова - с сентября по декабрь; на восточном побережье и в Саба и Сараваке- с октября по февраль. Дождь, если случается, обычно прерывает солнечную погоду только на непродолжительное время; осадки, в основном, выпадают в виде коротких, сильных ливней.
